مقام معظم رهبری درباره ویژگی‌های اخلاقی شهیدان رجایی و باهنر می‌فرماید: «شهید باهنر، مرد بی تظاهری بود که هیچ کس از ظاهر آرام او نمی‌فهمید در باطن و ذهن و اندیشه موّاج او چه می‌گذرد. وی یکی از متفکرین و تئوریسین‌ها و ایدئولوگ‌های انقلاب بود. نوشته‌های زیادی داشت و کتاب‌های زیادی را تنظیم کرده بود. ارتباطات نزدیکی با شهید مطهری و شهید بهشتی داشت و هر دوی اینها، برای عظمت فکری و قدرت تفکر عملی او ارزش زیادی قائل بودند... نقش شهید رجایی و باهنر در افشا کردن ماهیت لیبرالی و منافقانه بنی صدر، بسیار برجسته بود. شهید رجایی با صبر خود و متانت و حوصله عظیم و با قبول درد‌ها و رنج‌های قلبی و غیرقابل افشایی که داشت، توانست، بنی صدر خائن را افشا و رسوا کند و به زمین بکوبد.

مقام معظم رهبری، یک سال بعد از شهادت مظلومانه رجایی و باهنر، در مورد ارزیابی این حادثه می‌فرماید: ما امروز از این حادثه درس می‌گیریم که ضد انقلاب برای پیشبرد اهداف خودش، حاضر است چهره‌هایی به قداست رجایی و باهنر را به آن شکل فجیع نابود کند. ما می‌فهمیم که ضد انقلاب با چهره‌های منافقانه‌ای حاضر است در همه جا و حتی اتاق کار شهید رجایی نفوذ کند و به این وسیله، جنایتی را انجام دهد؛ در صورتی که شهید، با همه زیرکی و هوشیاری او را نشناسد و چهره منافقانه او را نتواند تشخیص دهد.

ما این حادثه را در تاریخ گذاشتیم، اما یک بایگانی بسته و متروک نیست، بلکه هر لحظه در مقابل چشم ماست و باید از آن عبرت بگیریم و همچنان که بار‌ها گفتیم، خودمان را برای سرنوشت افتخارآمیز و غرورآمیز این دو شهید عزیز آماده کنیم.

امام خمینی (ره) به مناسبت شهادت شهیدان رجایی و باهنر فرمود: ملتی که قیام کرده است در مقابل همه قدرت‌های عالم، ملتی که برای اسلام قیام کرده است، برای خدا قیام کرده است، برای پیشرفت احکام قیام کرده است، این ملت را با ترور نمی‌شود عقب راند؛ گرچه خود واقعه و خود این افرادی که شهید شده اند، در نظر همه ما عزیز و ارجمندند. آقای رجایی و آقای باهنر هر دو شهیدی هستند که با هم در جبهه‌های نبرد با قدرت‌های فاسد هم جنگ و هم رزم بودند. مرحوم رجایی به من گفتند که من بیست سال است که با آقای باهنر همراه بودم و خدا خواست که با هم از این دنیا به سوی او هجرت کنند.